Tinjauan Farmakogenomik Pada Resistensi Virus Hiv  Terhadap Terapi Arv

Liska Fadhilla Fitri; Miftahul Jannah; Khairil Armal

doi:10.1111/alsyifa.v1i2.239

Penulis

Liska Fadhilla Fitri Universitas Mohammad Natsir Bukittinggi, Indonesia
Miftahul Jannah Universitas Mohammad Natsir Bukittinggi, Indonesia
Khairil Armal Universitas Mohammad Natsir Bukittinggi, Indonesia

DOI:

https://doi.org/10.1111/alsyifa.v1i2.239

Kata Kunci:

HIV, GWAS, SNP, Resistensi ARV, Farmakogenomik

Abstrak

Human Immunodeficiency Virus (HIV) merupakan penyakit kronis yang menyerang sistem imun dan memerlukan terapi antiretroviral (ARV) jangka panjang untuk menekan replikasi virus. Meskipun terapi ARV efektif dalam mengendalikan viral load, resistensi terhadap obat masih menjadi tantangan dalam keberhasilan pengobatan. Resistensi tidak hanya dipengaruhi oleh mutasi genom virus, tetapi juga oleh variasi genetik host yang berperan dalam respons imun dan metabolisme obat. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi single nucleotide polymorphisms (SNP) yang berpotensi berperan dalam resistensi HIV terhadap terapi ARV melalui pendekatan Genome-Wide Association Study (GWAS), serta menganalisis gen-gen risiko berdasarkan enam kriteria anotasi fungsional dan hubungan gen target dengan kandidat obat menggunakan database DrugBank. Penelitian dilakukan dengan pendekatan bioinformatika terhadap data genomik dari database publik. SNP signifikan ditentukan berdasarkan ambang batas p-value GWAS dan selanjutnya dianalisis menggunakan anotasi fungsional meliputi missense variant, cis-eQTL, biological process, cellular component, molecular function, dan KEGG pathway. Hasil menunjukkan bahwa sebagian besar SNP teridentifikasi berada pada wilayah intronik, dengan beberapa gen seperti HLA-B, HLA-DRB1, HLA-DRA, MICA, HCP5, UGT1A1, dan FGF1 memiliki skor risiko biologis lebih tinggi. Gen sistem MHC berperan dalam presentasi antigen, sedangkan gen terkait metabolisme obat berpotensi memengaruhi respons terapi. Variasi genetik host berpotensi berkontribusi terhadap resistensi HIV melalui modulasi respons imun dan interaksi gen–obat, sehingga pendekatan genomik host dapat menjadi dasar pengembangan terapi HIV berbasis presisi.

Referensi

Apetroaei, M. M., Velescu, B. Ș., Nedea, M. I., Dinu-Pîrvu, C. E., Drăgănescu, D., et al. (2024). Drug resistance in the context of human immunodeficiency virus treatment: Dynamic and ever evolving subject matter. Biomedicines, 12(4). https://doi.org/10.3390/biomedicines12040915

Bayón-Gil, Á., Hernández, I., Dalmau, J., Nieto, J. C., Urrea, V., Garrido-Sanz, L., Caratú, G., García-Guerrero, M. C., Gálvez, C., Salgado, M., Erkizia, I., Laguía, F., Resa-Infante, P., Massanella, M., Tonda, R., Morata, J., Hong, K. Y., Koshy, J., Goldman, A. R., et al. (2025). Host genetic and immune factors drive evasion of HIV-1 pathogenesis in viremic nonprogressors. Med, 6(2). https://doi.org/10.1016/j.medj.2024.09.007

Desta, Z., Gammal, R. S., Gong, L., Whirl-Carrillo, M., Gaur, A. H., Sukasem, C., Hockings, J., Myers, A., Swart, M., Tyndale, R. F., Masimirembwa, C., Iwuchukwu, O. F., Chirwa, S., Lennox, J., Gaedigk, A., Klein, T. E., & Haas, D. W. (2019). Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium (CPIC) guideline for CYP2B6 and efavirenz-containing antiretroviral therapy. Clinical Pharmacology and Therapeutics, 106(4), 726–733. https://doi.org/10.1002/cpt.1477

Hariastuti, dkk. (2016). Potensi resistensi virus HIV-1 terhadap terapi anti retroviral (ART) pada pasien VCT di beberapa kota di Indonesia.

Javani, G., Nurdin, S. A., Qamariyah Khoirunisa, S., & Kunci, K. (2022). Profil mutasi terhadap resistensi antiretroviral golongan reverse transcriptase inhibitor pada pasien HIV di Indonesia. Indonesian Chemistry and Application Journal, 5(2). https://doi.org/10.26740/icaj.v5i2.23211

Ranasinghe, S., Cutler, S., Davis, I., Lu, R., Soghoian, D. Z., Qi, Y., Sidney, J., Kranias, G., Flanders, M. D., Lindqvist, M., Kuhl, B., Alter, G., Deeks, S. G., Walker, B. D., Gao, X., Sette, A., Carrington, M., & Streeck, H. (2013). Association of HLA-DRB1-restricted CD4+ T cell responses with HIV immune control. Nature Medicine, 19(7), 930–933. https://doi.org/10.1038/nm.3229

Telele, N. F., Kalu, A. W., Gebre-Selassie, S., Fekade, D., Marrone, G., Grossmann, S., Neogi, U., Tegbaru, B., & Sönnerborg, A. (2019). A viral genome wide association study and genotypic resistance testing in patients failing first line antiretroviral therapy in the first large countrywide Ethiopian HIV cohort. BMC Infectious Diseases, 19(1). https://doi.org/10.1186/s12879-019-4196-8

Tremmel, R., Zhou, Y., Camara, M. D., Laarif, S., Eliasson, E., & Lauschke, V. M. (2025). PharmFreq: A comprehensive atlas of ethnogeographic allelic variation in clinically important pharmacogenes. Nucleic Acids Research, 53(D1), D1498–D1509. https://doi.org/10.1093/nar/gkae1016

Weinshilboum, R. M., & Wang, L. (2017). Pharmacogenomics: Precision medicine and drug response. Mayo Clinic Proceedings, 92(11), 1711–1722. https://doi.org/10.1016/j.mayocp.2017.09.001

Więcek, K., & Chen, H. C. (2023). Understanding latent HIV-1 reservoirs through host genomics approaches. iScience, 26(11). https://doi.org/10.1016/j.isci.2023.108342

Yu, Z. J., Mosher, E. P., & Bumpus, N. N. (2025). Pharmacogenomics of antiretroviral drug metabolism and transport. Annual Review of Pharmacology and Toxicology. https://doi.org/10.1146/annurev-pharmtox-021320